《寶可夢朱／紫》中玩家將扮演學院轉校生，在帕底亞廣闊的地圖中自由探索，培養屬於自己的寶可夢，擊敗寶主挑戰道館成為最強寶可夢訓練師。
內容目錄
冠軍之路-挑戰聯盟
前往位於桌台市西北邊的寶可夢聯盟所在地。
從桌台市中的山洞可以到達聯盟所在區域。
進入聯盟後四天王之一的辛俐會作為面試官向我們詢問一系列的問題。
面試官
第一個問題沒有正確答案，任意選擇即可。
第二個問題會根據遊戲版本不同而不同，如果玩的朱則回答句子橘子學院，紫則回答葡萄學院。
第三題的問題答案是【為了成為冠軍】。
第四個問題會沒有正確答案，任選一個就行，但需要記住自己的選擇，後面有用。
第五、六、七個問題相互關聯，首先會詢問我們在哪個道館遭遇苦戰，隨後會詢問我們該道館的館主姓名和屬性。
若第五題選擇【圓模道館】，則第六題需要選擇【阿楓】，第七題的答案為【蟲】。
第八個問題的答案為玩家選擇禦三家，跟據實際情況選擇即可。
第九個問題與第四個問題相同，我們此處需要選擇第四題選擇的答案。
最後一個問題問我們是否喜歡寶可夢，選擇【是】即可通過面試。
隨後從辛俐背後的門進入下一個房間與四天王對戰。
辛俐
我們的第一個對手就是辛俐，辛俐的寶可夢等級為57級，具體屬性和寶可夢如下：
1.地面與水屬性的鯰魚王。
2.地面與火屬性的噴火駝。
3.地面屬性的頓甲。
4.地面屬性的三地鼠。
5.毒和地面屬性的土王，在戰鬥中會通過太晶化轉化為地面屬性。
在挑戰下一個對手之前我們可以進行休整，使用藥品為寶可夢恢復狀態或更換陣容等。
波琶
第二個對手為波琶，波琶的寶可夢等級為58級，具體屬性和寶可夢如下：
1.鋼屬性的大王銅象。
2.鋼和飛行屬性的鋼鎧鴉。
3.鋼和超能力屬性的青銅鐘。
4.鋼和電屬性的自爆磁怪。5.鋼和妖精屬性的巨鍛匠，該寶可夢在戰鬥過程中會通過太晶化轉化為鋼屬性。
青木
第三個對手為一般屬性的道館館主青木，但在此處他會使用飛行屬性的寶可夢與我們戰鬥，寶可夢的等級為59級。
1.飛行和草屬性的熱帶龍。
2.飛行和一般屬性的姆克鷹。
3.飛行和龍屬性的七夕青鳥。
4.飛行和電屬性的花舞鳥。
5.飛行和格鬥屬性的纏紅鶴，該寶可夢會在戰鬥中通過太晶化變為飛行屬性。
八朔
最後一名天王就是學校的美術教師八朔，此時他會使用龍屬性寶可夢進行對戰，他的寶可夢等級為60級。
1.飛行和龍屬性的音波龍。
2.毒和龍屬性的毒藻龍。
3.草和龍屬性的蘋裹龍
4.龍屬性的雙斧戰龍。
5.冰和龍屬性的戟脊龍，該寶可夢會在戰鬥中通過太晶化變為龍屬性。
聯盟會長也慈
戰勝聯盟的四天王后，我們將迎來最終考驗，與聯盟會長也慈進行戰鬥。也慈的寶可夢屬性多樣，等級均為61級。
1.超能力屬性的超能艷鴕。
2.冰屬性的冰岩怪。
3.惡和鋼屬性的僕斬將軍。
4.水和超能力屬性的輕身鱈。
5.草屬性的坐騎山羊。
6.毒和岩石屬性的晶光花，該寶可夢會在戰鬥中通過太晶化變為岩石屬性。
將也慈擊敗後離開寶可夢聯盟，早已在外等待我們的妮莫向我們發起挑戰。在旁邊的寶可夢中心恢復狀態補充道具後，來到桌台市中的對戰場地和妮莫對戰。
妮莫的寶可夢屬性多樣，等級均為65級。
1.岩石屬性的鬃岩狼人。
2.鋼屬性的拖拖蚓。
3.龍屬性的黏美龍。
4.一般屬性的土龍節節。
5.電屬性的巴土布撥。
6.妮莫的最後一隻寶可夢會根據玩家的御三家不同而產生變化，屬性必備玩家選擇的御三家寶可夢克制。
戰勝妮莫後回到宿舍，收到來自派帕的信息，得知前往第零區的人已經召集完畢，將目的地發送給我們後派帕便中斷了通話。
至此冠軍之路就已經完成，接下來將前往第零區完成最後的冒險。
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