《寶可夢朱／紫》中玩家將扮演學院轉校生，在帕底亞廣闊的地圖中自由探索，培養屬於自己的寶可夢，擊敗寶主挑戰道館成為最強寶可夢訓練師。
抵達學院
進入校園後見到了校長，得知剛剛幫助過的女生名字叫做【牡丹】。一番交談後我們來到教室，經吉尼亞老師介紹正式加入班級當中。
隨後我們可以從教室入口處前方學院內的其他地方。
我們可以首先前往學生食堂。
在食堂中見到派帕，得知他的夢想是做出傳說中的料理，而秘傳調味料則由名為【寶主】的寶可夢守護，因此他需要我們幫助他擊敗寶主收集調味料。
在答應派帕後他會將寶主的位置標註在地圖上，至此開啟主線【傳說之路】。
交談結束後會獲得派帕送送的寶物【星星沙子】。
正當準備離開食堂時我們的手機接到了一個自稱【仙后】的人的電話，仙后表示她想要徹底瓦解天星隊，因此需要我們的幫助。
同意幫助仙后開啟主線【星辰之路】。
從食堂離開後我們會來到學校大廳，從大廳出口離開前往教師辦公室。
來到教師辦公室後我們找到了妮莫，在表示自己也想成為冠軍級寶可夢訓練師後，妮莫告訴我們必須戰勝8個寶可夢道館。
在將寶可夢道館的位置標註在地圖上後，主線【冠軍之路】正式開啟。
隨後聽見校園廣播叫我們前去校長室，來到校長室後我們通過視頻通話見到了奧琳博士，她表示由於自己正處在第零區無法脫身，因此擺脫我們繼續照看故勒頓。
從校長室離開後回到宿舍，上床休息準備迎接第二天的校園生活。在經過幾天后學院的【尋寶】活動正式開始，至此我們可以自由前往地圖上的任意地點進行冒險。
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