《寶可夢朱／紫》中玩家將扮演學院轉校生，在帕底亞廣闊的地圖中自由探索，培養屬於自己的寶可夢，擊敗寶主挑戰道館成為最強寶可夢訓練師。
歸鄉之路
第零區可以通過錦匯鎮進入，首先通過傳送來到錦匯鎮。
隨後穿過位於錦匯鎮南部的山洞即可進入巨坑區域。
進入研究設施後和夥伴們集合，隨後從右側的通道前進。
騎乘故勒頓來到巨坑內部後，沿著山路向下尋找觀測站以解鎖底部研究所的大門。
下圖所示的建築即為觀測站。
來到第一個觀測站後遭遇寶可夢晶光花，該寶可夢為毒和岩石屬性。
將晶光花擊敗後進入觀測站，在觀測站中與控制台互動打開研究所的四道大門之一。
隨後沿著山路繼續向下，在崖壁邊可以找到第二個觀測站。
在第二個觀測站處與寶可夢吼叫尾戰鬥，該寶可夢為妖精和超能力屬性。
隨後在觀測站中打開研究所的第二道大門，在第二個觀測站中派帕為了以防萬一將朱之書交給我們保管。
來到底層瀑布旁後向左前方前進。
來到第三個觀測站後與野生的地面和格鬥屬性寶可夢雄偉牙戰鬥並將其擊敗。
在第三個觀測站中操作控制台打開大門後，沿著道路進入前方的山洞。
在山洞中我們可以找到被太晶覆蓋的第四個觀測站。
在進入觀測站後我們發現其中非常破敗，並且奧琳博士在和我們說話時也不太對勁。操作控制台打開研究所的第四道門後前往山洞底部。
來到研究所門前與操作台互動打開大門。
在開門後另一隻故勒頓出現，對我們的故勒頓耀武揚威一番後就走進了研究所中。
隨後從研究所中出現三隻寶可夢，隨即進入戰鬥。三隻寶可夢分別是地面和格鬥屬性的雄偉牙、毒和草屬性的猛惡菇、幽靈和妖精屬性的振翼發，將三隻寶可夢擊敗後即可進入研究所。
在研究所中我們見到了奧琳博士，但通過交談我們才得知真正的奧琳博士早已因實驗事故死去，留在此處的奧琳博士僅是一個完美繼承本人情感和記憶的AI。
通過AI我們得知奧琳博士通過研究製造出了時光機，並通過傳送精靈球來捕獲古代寶可夢。但古代寶可夢的到來嚴重破壞了帕底壓的生態，為了徹底解決危機我們需要乘坐升降機前往底部關閉時光機。
來到底部準備使用朱之書關閉時光機時，奧琳博士的AI收到程序影響對我們進行阻攔，隨後進入寶可夢對戰。AI的寶可夢和出場順序如下：
1.蟲和格鬥屬性寶可夢爬地翅。
2.毒和草屬性寶可夢猛惡菇。
3.電和地面屬性寶可夢沙鐵皮。
4.妖精和超能力屬性的吼叫尾。
5.幽靈和妖精屬性的寶可夢振翼發。
6.龍和惡屬性的寶可夢轟鳴月。
擊敗奧琳博士AI後準備關閉時光機，但研究所的底層防護機制再次生效，不僅關閉了時光機還鎖定了除奧琳博士之外所有的精靈球。
隨後我們可以在更換寶可夢界面切換至故勒頓進行對戰。
在太晶化狀態下使用太晶爆發即可對對手造成大量傷害。
戰勝奧琳博士AI後，她通過時光機前往了古代繼續。同時我們也成功拯救帕底亞免於生態危機，冒險的旅程至此也告一段落。
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